上海版权律师网计算机软件著作权侵权行为属于一般侵权行为，应适用过错责任原则，侵权行为的构成要件是：
1.侵权人主观上有过错，包括故意或过失，比如侵权人知道或应当知道其“使用”的软件是属于他人享有著作权的作品；
2.侵权人客观上有侵权行为，主要表现是商业目的的使用或销售牟利；
3.权利人有损失；
4.有因果关系，指侵权行为和权利人的损失之间有因果关系。
因此原告（权利人）和被告（侵权人）在诉讼中实际上都是围绕着上述侵权行为的构成要件是否成立进行举证。
一、原告的举证
1.软件著作权权属证据
这是最基本的，如果没有此类证据，是不能立案的，或者此类证据不足，被告会以此为由抗辩主体不适格，从根本上推翻原告的主张。此类证据主要有：
–软件已经登记的，应提交计算机软件著作权登记证书。此证书属于经过登记的书证，其证明力一般大于其他书证、视听资料和证人证言，证明力较高；
–软件未经登记的，应提交该软件的源程序、文档以及其他的能证明其享有权利的证据。在这里源程序是必须的，因为软件一般是以目标程序的形式发行的，而源程序是不会公开披露的，只有目标程序一般不能证明权利归属。
2.侵权行为的证据
这是最主要的，司法实践中采用“实质性相似加接触原则”，即要有证据能证明原告软件和被告软件是相同的或构成实质性相似，并且被告接触了或有可能接触了原告的软件，就可以初步认定侵权行为的存在。
–原告软件的程序和文档；
–被告软件的的程序和文档；
–原告软件和被告软件的程序和文档经比对后是相同的或实质性相似的证据，此证据最好申请知识产权司法鉴定机构做司法鉴定，鉴定结论证明力一般大于其他书证、视听资料和证人证言，证明力也较高；
–被告接触了原告软件的程序和文档，只要能证明有接触的可能性就可以，比如原告的原软件开发人员跳槽到被告单位工作。
上述程序和文档，主要是指相应软件的源程序和与源程序开发有关的开发文档；但一般情况下，原告很难获得被告软件的源程序，即使原告申请了法院调查收集证据，被告也会拒绝提供其软件源程序，此时如果原告能证明双方软件的目标程序相同或实质性相似；或者虽不相同或者实质性相似，但是被告软件的目标程序中存在原告软件中的特有内容；或者双方软件的运行界面相同的，可以认定原告完成了相应的举证责任，这样做的法理依据是《最高人民法院关于民事诉讼证据的若干规定》第七十五条的规定，“有证据证明一方当事人持有证据无正当理由拒不提供，如果对方当事人主张该证据的内容不利于证据持有人，可以推定该主张成立。”
3.原告损失的证据
这是主张赔偿的主要依据。原告首先要根据其实际损失要求赔偿；实际损失难以计算时，可以按照被告的违法所得要求赔偿。注意这是个递进的关系。赔偿数额还应当包括原告为制止侵权行为所支付的合理开支。原告的实际损失或者被告的违法所得不能确定的，由人民法院根据侵权行为的情节，判决给予五十万元以下的赔偿。
4.其他证据
–被告过错的证据往往包含在以上三类证据中，甚至有时是很明显的，不证自明的。
–因果关系的证据也包含在以上三类证据中，证明的难点往往不在于原告有没有损失，而是在于原告的实际损失是否全部来源于被告的侵权行为。
二、被告的举证
1.反驳侵权的证据
这是被告主要的反驳手段。
–被告的软件是自行创作的证据，比如被告的软件开发时间早于原告的软件开发时间；
–原告的软件属于公有领域的证据，比如是开源软件；
–双方软件执行共同的标准或者表达形式有限的证据；
–双方软件只是思想相同或相似的证据，著作权不保护作品的思想，保护的是作品的表达方式。
2.其他的证据
–质疑软件著作权权属的证据，比如原告的软件来源于第三方；
–质疑原告损失和因果关系的证据，比如被告的软件还没有销售不可能对原告造成损失；
–被告无过错的证据，比如被告是计算机软件复制品的发行者或者出租者，如有证据能证明其发行、出租的复制品有合法来源证据的，不承担赔偿责任。
在知识产权司法保护网上刊登了江苏省2007年的十三起知识产权典型案件，其中一个是计算机软件著作权纠纷案。
基本案情是：原告开发完成一种单片控制器系统软件，并经国家版权局登记。原告诉称被告未经其许可在同类产品上使用该软件，侵犯其著作权。被告辩称被控侵权软件系其独立开发完成，与原告软件并不相同。审理中，被告拒绝提供被控侵权软件的源程序。同时，由于被控侵权软件固化在被控侵权产品经过加密的芯片中，无法通过技术手段读取被控侵权软件的源程序以直接对比。法院经审理认定原、被告软件存在以下共同之处：1、存在共同的系统软件缺陷。2、在加电运行时存在相同特征性情况。3、使用说明书基本相同。4、原、被告控制器的整体外观和布局基本相同。法院认为：在被告持有被控侵权软件源程序无正当理由拒不提供的情形下，根据现有证据应当认定被控侵权的软件与原告软件构成实质相同，被告侵犯了原告软件著作权。最终法院判令被告立即停止侵权；赔偿原告经济损失。
点评：本案属于计算机软件著作权纠纷。司法实践中软件著作权的侵权认定一般采用“实质性相似加接触原则”，即只要有证据能证明原告软件和被告软件是相同的或构成实质性相似，并且被告接触了或有可能接触了原告的软件，就可以初步认定侵权行为的存在。一般，被告接触了原告软件的程序和文档比较好认定，只要能证明有接触的可能性就可以。难点往往在于双方软件实质性相似的认定。如果原、被告双方都能提供其软件的源程序，将双方的源程序进行比对后，就能直接证明双方软件是否相同的或构成实质性相似。而被告无正当理由拒绝其软件源代码的情况下，法院也可以根据其他证据间接证明双方软件是否相同的或构成实质性相似，本案就是一例。这些间接的证据有：1、双方软件的目标程序相同或实质性相似；2、双方软件的运行界面相同的；3、双方软件的文档相同或实质性相似；4、双方软件存在多处相同的缺陷；5、其他结合具体案件的情形。事实上，根据《最高人民法院关于民事诉讼证据的若干规定》第七十五条的规定，“有证据证明一方当事人持有证据无正当理由拒不提供，如果对方当事人主张该证据的内容不利于证据持有人，可以推定该主张成立。”因此，在无源代码直接比对的情况下，这些间接证据比对的结论实际上是一种推论；此时举证责任转移到了被告处，如果被告没有反驳的证据，则推论成立。总之，在软件著作权侵权诉讼中，被告即使不交源代码也可以被认定侵权。