上海版权律师网在以侵权人获利计算赔偿时，一定要注意把握“侵权行为”与“获利”之间的因果关系问题，判决赔偿的应当是侵权人“因侵权”所获得的利润，对因其他因素形成的利润应当从侵权人整体获利中予以剔除。在现行会计制度规则下，利润的概念涉及营业利润、产品的销售利润和净利润。营业利润为产品销售利润减去管理费用、财务费用后利润。销售利润为产品销售收入减去相应的销售成本(包括制作成本和销售费用)、产品销售税金及附加后的利润。净利润为营业利润减去所得税后的利润。
由于一般情况下销售利润远远大于营业利润，因此在侵权案件中，以哪一种利润来计算赔偿，涉及当事人利益重大，需要对此进行明确。一般主张以产品销售利润为依据的计算赔偿，认为这样有利于保护权利人，制止侵权;如果产品销售利润过高，法院可以根据公平原则酌情减少，但以不低于营业利润为限。对于一般性的侵权行为以营业利润计算较为妥当合理，对当事人比较公平，也符合侵权人获利的实际。但是，对于以假冒为业的假造、贩假行为，可以按侵权商品的产品销售利润计算。在按照侵权获利计算赔偿时，赔偿总额为利润加合理的侵权调查、处理费。
关于利润率的计算。在侵权产品数量可以查清但其利润率难以确定或者侵权人所提供的侵权产品利润率明显低于合法商品的利润率时，可以参照合法商品的利润率计算。但也有人对此表示不同意见，认为只有在侵权商品利润率无法查清时才能参照合法商品利润率，在侵权产品利润率可以查清只是过低时，如果也参照合法商品利润率计算赔偿，就变成了惩罚性赔偿，并不公平。
另外，当事人也可以商定用其他计算方法计算损失赔偿额。评估、鉴定等方法也可以用于赔偿计算。但具体到个案，权利人的损失该如何计算，在审判实务中往往存在争议。因此，著作权侵权损害赔偿问题，遂成为著作诉讼中当事人双方共同关注的焦点。面对科学技术的新发展，著作权领域中出现了涉及计算机软件、数据库、互联网等与信息技术有关的新类型侵权案件，有关著作侵权的赔偿问题变得更加复杂。